夏日的一天,紅發(fā)女孩瑪麗(杉咲花 配音)被送到阿姨夏洛特所在的鄉(xiāng)間小屋度假。初來乍到,瑪麗對(duì)周遭的一切還不那么適應(yīng),特別是調(diào)皮男孩彼得(神木隆之介 配音)有意和她對(duì)著干,令瑪麗實(shí)在高興不起來。偶然一次的林間探險(xiǎn),瑪麗見到了傳說中的魔法之花“夜間飛行”,還找到了一柄破掃帚。偏偏這把魔法掃帚載著瑪麗飛上天空,來到了專門培養(yǎng)魔法師的恩德學(xué)園。在這個(gè)神奇的所在,瑪麗受到曼布勒切克女士(天海佑希 配音)的殷勤接待,還邂逅了怪模怪樣的D博士(小日向文世 配音)。雖然女孩懵懵懂懂成為了魔法學(xué)員,可是他很快發(fā)現(xiàn)了這里所隱藏的秘密……