在幻影忍者們齊心協(xié)力擊退飛天海盜之后,忍者世界恢復(fù)到往日的和平。忍者們認(rèn)真地進(jìn)行日常訓(xùn)練,但大地忍者 - 寇,似乎有什么心事困擾著他??茉谶^去的戰(zhàn)役當(dāng)中,被邪惡的楊大師變成了幽靈,原本他還以為自己已漸漸習(xí)慣幽靈形態(tài),但他卻驚覺自己有可能隨時會消失不見,仿佛不曾存在過一樣。就在這個時候,他又聽到了楊大師的呼喚,發(fā)現(xiàn)楊大師正在進(jìn)行一個陰謀,企圖將過去曾被忍者們打倒的強(qiáng)大魔頭們?nèi)颊賳净厝陶呤澜纾∶鎸Χ鄠€過去的死敵同時襲來,幻影忍者們能招架得住嗎?而寇,是否能夠渡過這次的難關(guān),繼續(xù)存在于這個世上呢?