幽靈軍團(tuán)的黃泉（中村秀利 配音）通過神秘的暗黑醫(yī)療術(shù)，復(fù)活了具有足以毀滅世界恐怖力量的魔物魍魎（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王國(guó)。魍魎俯身于黃泉身上，隨即命令幽靈軍團(tuán)攻打鬼之國(guó)，企圖殺害具有封印魔物和預(yù)言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并準(zhǔn)備奪回魍魎封印在沼之國(guó)的肉體。一旦魍魎的靈魂和肉體合二為一，世界將徹底滅亡。鬼之國(guó)遇襲的消息很快傳到其他各國(guó)，葉隱村的忍者也被調(diào)動(dòng)起來。鳴人（竹內(nèi)順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、寧次（遠(yuǎn)近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保護(hù)紫苑。然而，鳴人卻從紫苑的口中得到他將死去的預(yù)言……